Дальневосточное отделение создано c Указом Президента Российской Федерации «О Стратегии развития Арктической зоны и обеспечения национальной безопасности на период до 2035 года» от 26.10.2020г. № 645, утверждённым Госкорпорацией «Росатом» планом мероприятий по формированию Дальневосточного филиала АО «АТЦ Росатома».

В апреле 2021 года появилось обособленное подразделение Дальневосточное отделение АО «АТЦ Росатома» в городе Владивосток с штатной численностью 7 единиц.

1 июня 2024 г. Дальневосточное отделение получило статус филиала.